微波殺菌設備通過熱和非熱的效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，此外微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，具有膨化效果。如常規熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46％-50％，而微波處理是60％-90％；常規加熱豬肝維生素A保持率為58％，而微波加熱為84％。
   常規熱力殺菌是從物料表面開始，然而通過熱傳導至內部，存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間。往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波肯有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部同時受到作用，所以殺菌均勻。

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