微波殺菌設備是微波加熱技術功能的延伸，表現為微波與生物體及其組成的基本單元——細胞之間相互作用后，生物體的細胞生理活動變化和反應。
    與巴氏加熱殺菌法比較，微波殺菌設備有以下顯著特點：微波殺菌設備是一種物理殺菌方法，它不需要添加化學防腐劑就能夠殺滅、霉菌和蟲卵，以及病毒等有害人體的微生物，它在殺滅有害微生物過程中，不會對食品殘留毒性或放射性物質的污染，，也不會改變食品的色香味和營養成分；在同樣殺菌溫度下，所需殺菌時間短，不需要預熱。如大腸桿菌殺滅時間約30S。在相同殺菌條件下，菌致死的溫度比較低，且殺菌效果極為顯著；能同時對被殺菌物料表里實施整體殺菌，較大地縮短殺菌周期，并保證殺菌一致性；由于物料各部位殺菌的同時性，殺菌時間短，能避免因長時間的加熱影響食品品質，特別是對不宜在較高溫度或較長加熱時間情況下進行殺菌的食品。
    對于既要保持色澤、香味和口感不變等質量要求又需殺菌的物料，使用微波殺菌設備可取得 效果。微波殺菌可分為包裝后殺菌和包裝前殺菌。包裝容器不能用金屬質地的，需用介質材料，一般用塑料軟包裝或玻璃，工程塑料質地容器為宜。為防止在微波殺菌過程中漲袋，設備可在工作倉內施加壓力采用反壓殺菌工藝，可防止漲袋損失。