因為微波它是一種電磁波，只要是遇到極性分子，微波對物質進行波動性傳導并終會被物質所吸收。任何物質都是由極性分子和非極性分子組成的，在微波干燥設備的作用力下，極性分子會隨著磁場的磁極的變化從原來的隨機分布狀態轉向按照電場的極性快速變化，這種變化運動以每秒24.5億次的頻率進行，造成分子的劇烈運動與摩擦碰撞，從而產生熱量，微波能直接轉化為介質內的熱能，使介質溫度不斷升高，這個是微波對物質加熱的基本原理。

    微波的穿透能力強，可以使物料內外同時受熱。另一方面，由于微波不需要加熱空氣，不是傳導性加熱，沒有熱輻射損耗，比蒸汽加熱、遠紅外加熱要節能30%以上。水是一種極性很強的分子，在微波干燥設備的作用下，水可以極快地吸收微波，把微波能轉化成熱能，在溫度達到60度以上的時候，水分子就開始汽化了，形成水氣進行蒸發脫離其它物質，從而達到了其它物質的目的。