微波在金銀花殺青的應用主要是其產生的熱效應。當磁控管產生微波照到金銀花時，金銀花內部的極性分子受微波周期性變化的影響，隨微波進行周期性活動。高頻率微波會使金銀花內部分子高速碰撞，而產生大量摩擦熱量，迅速提高物料的溫度從而達到快速升溫的效果。