微波殺菌設備的微波殺菌是利用了電磁場熱效應和生物效應共同作用的結果。微波殺菌設備的特點：
1.時間短、速度快：微波殺菌是微波能與食品及其等微生物直接相互作用，從而達到快速升溫殺菌目的，處理時間大大縮短，一般各種物料的殺菌作用在3-5分鐘。
2.低溫殺菌保持營養成分和傳統風味：微波殺菌是通過熱和非熱的效應殺菌，在較低的溫度和較短的時間內獲得所需的殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，并保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，具有膨化效果。
3.節約能源：微波是直接對食品進行作用，沒有額外的熱能耗損，一般可節電30%-50%。
4.易控制：微波干操殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活，微波功率可調，傳輸速度從零開始連續可調。