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微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對的熱效應是使蛋白質變化，使失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，因此營養不良，不能正常代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到 而死亡。此外，微波能使正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。

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