微波殺菌設備采用微波殺菌，利用電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應，是讓蛋白質變化，讓細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應，是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，改變細胞膜的通透性能，使細菌營養不良，不能正常代謝，細胞結構功能紊亂。