微波萃取設備主要是用了微波強烈的熱效應，但是微波加熱方法不同于傳統加熱的方式。在傳統的加熱方式里，容器壁大多是由熱的不良導體系成，熱由器壁傳導到溶液內部須要時間；另外，液體名義氣化而引起的對傳播熱將構成自內而外的溫度梯度，因而僅一小部門液體與外界溫度相當。而微波加熱是一個內部加熱的過程，它不同于一般外加熱方式是將熱量由外向內傳遞，可以同時直接作用于內部和外部的介質分子，使全部的物料被同時加熱，也就是“體加熱”過程，從而可戰勝傳統傳導式加熱方式所存在的溫度上升較慢的缺點。