微波殺菌設備的微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應共同作用的結果。物料中的蟲卵和細胞也會因分子極化馳豫，同時吸收微波升溫，微波對細胞的熱效應使蛋白質變性而死亡；微波對細胞的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，能夠對細胞膜周圍電子和離子濃度造成影響，從而改變細胞膜的通透性能，使細胞營養不良，不能正常代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到影響。此外，決定細胞正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸和脫氧核糖酸是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲型大分子，只要有足夠強的微波就可以導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變或染色體畸變。